Himura Kenshin egy sötét múlttal rendelkező, ám mindig jókedvű csavargó. Mivel soha nem volt szamuráj, ő nem egy ronin, hanem rurouni, aki a Meidzsi-restauráció idején az egyik leghírhedtebb bérgyilkosnak számított, azonban a háború fordulópontján egyszerűen hátat fordított a konfliktusnak. Útja a Meidzsi-korszak 11. évében egyenesen Tokióba vezeti őt, ahol összebarátkozik a női kendómester Kamiya Kaoruval, a volt tolvaj Myoujin Yahikóval, az utcai harcos Sagara Sanosuke-vel és a doktornő Takani Megumival, akiknek szintén megvannak a maguk titkai. Együtt harcolnak a sötét múltból felszínre törő ellenségekkel, akiktől Kenshin nem tud szabadulni.